精简政区
参见：省虚级化和2010年中华民国县市改制直辖市
2014年12月25日起中华民国县市改制直辖市后之行政疆域图
1992年11月7日金马地区战地政务终止，1996年1月15日福建省政府迁回金门办公，但省政府维持原精简化之编制，且不设省议会。1994年立法院通过《省县自治法》，将省辖市直接称为“市”，并废除县治可为县辖市的规定条款。1998年由《地方制度法》取代先前法律，省政府遭虚级化而改为行政院的派出机关；而县辖市设置规定改为适用全国（人口数标准不变，先前因县政府所在地而改制的县辖市不变动）。2009年立法院《地方制度法》修法，增订各县市经议会通过或人口数达200万以上者得以报请行政院申请改制为直辖市。2014年1月立法院修正《地方制度法》部分条文，改制为县辖市的人口数标准降回10万。2018年行政院将省级外出机关预算与额员归零，原业务与额员改由其他部门承接，省级单位实质消失。至此中华民国的行政区划单位有6直辖市（一级行政区）、3市13县（二级行政区）与146乡38镇14市170区（三级行政区）
关于行政区调整议题，不时有人提出建议。基于历史因素，台湾省与福建省的范围有极大的差距，前者占全国极大比例，后者仅辖金门与马祖且已经虚级化。由于资源大多分配于台湾南北两端的台北市与高雄市，不利于中部地区发展；而原台北县人口早已达直辖市标准，也应该给予直辖市规格的资源。另外，县市划分过细，缺乏整体规划。首先先降低区划阶级，也就是省虚级化。李登辉政府时期将台湾省虚级化，将原由省政府负责的相关业务改由中央行政部门与区域联合服务中心承接，首先成立南服，陈水扁政府时期又陆续成立中服、东服以分担业务。而整并政区的部分，许多人提出如“三都十五县”（马英九提出）、“四省两特区双首都”（吕秀莲提出）及“六星计划”（谢长廷提出）等计划，然而改革的过程遇到许多阻碍[注 2]。到了马英九政府时期，以马英九所主张的三都十五县计划为蓝图，实施更多的区划变更。
1998年，中央政府实施省虚级化政策，使台湾省政机构大幅精简；原由省政府负责之政务，转由行政院及其所属的区域联合服务中心来共同承担。2007年，人口超过200万的台北县升格为准直辖市，可享有直辖市等级之资源分配，而行政区则维持县级。
2008年马英九就任总统后，以所主张的三都十五县计划为蓝图，原期望至2014年达成，并以渐进的方式进行修改。[9] 但要实现此计划也有隐忧，例如市“降格”为县辖市后所引起的不满，资源可能过度集中三都。桃园县、台南县市亦接近200万人口，不过台湾本岛面积最大的花莲县却仅34万人。
2009年，行政院确定台北县单独改制为直辖市并改名为新北市，而高雄县市、台中县市、台南县市则各自合并升格为直辖市，此次行政区调整计划被称为“五都升格”。此外，桃园县自2011年起准用直辖市编制，成为“准直辖市”。这和原有三都十五县的方案有所不同，如台北县、台北市及基隆市最终没有合并，原不在“三都”构想内的台南县市也一并获得升格。
2010年12月25日，七个县市提出的县市改制直辖市案生效，共有新北市（原台北县）、台中市（原台中县、市合并）、台南市（原台南县、市合并）、高雄市（原高雄县、直辖市合并）改制为直辖市，俗称“五都改制”。经此变更后，中华民国全国行政区划分为5直辖市、3市、14县。2010年6月，桃园县人口超过200万人，获行政院核准于2011年起准用直辖市相关规定。
2012年11月，在张通荣市长关说案之后，基隆市的合并问题再度浮上台面，不论是新北市与基隆市合并、台北市与基隆市合并、三市（新北市、台北市与基隆市）合并、大基隆市（基隆市加上新北市基隆北海岸地区，独立成另一个直辖市）、甚至于加入宜兰县的合并案，随着选举再度成为话题。
2014年12月25日，桃园县升格为直辖市桃园市。